Op 6 april 1944 tijdens een foto verkenningsmissie van de Franse kust ter voorbereiding van de landingen bij Normandie begon er, nog voor hij de Franse kust bereikt had, brandstof te lekken over de vleugel van Ernest toestel. De brandstof vatte vlam en het toestel begon te branden. Ernest kon zich redden met zijn parachute terwijl zijn toestel brandend ter aarde stortte te Wroughton, Wiltshire in Engeland.

Op 25 september 1944 opgestegen van Mount Farm, Oxfordshire Engeland voor een fotoverkenningsvlucht en door onbekende oorzaak wederom gecrasht. Het toestel is ten noorden van de Maas neergestort tegen over Grave ten zuiden van de Kleefseveerstraat / dijk / Nederasselt.  Ernest had nu echter minder geluk en kwam hij bij deze crash om het leven.

Ernest E. Johnston uit Oklahoma ligt begraven op de Amerikaanse War Cemetery te Lorraine graf K-37-39 Frankrijk. Ernest diende bij de 7^e verkenningsgroep van het 27^e fotoverkenningssquadron.